Mikhaïl Messerer est issu d’une célèbre dynastie de danseurs. Parmi les figures illustres qui composent sa famille, on peut notamment citer sa mère, Sulamith Messerer, danseuse étoile du Bolchoï, son oncle, Assaf Messerer, maître de ballet au Bolchoï et pédagogue renommé, sa cousine enfin, qui n’est autre que Maïa Plissetskaïa. Il fait lui-même ses études à Moscou, à l’Académie du Bolchoï, dont il sort diplômé en 1969. Après une carrière de danseur, il s’oriente vers l’enseignement.
A partir de 1980, il s’installe avec sa famille en Occident, où il devient professeur invité dans de nombreuses compagnies de ballet à travers le monde : l’American Ballet Theatre, le Ballet de l’Opéra de Paris, le Ballet du Kirov-Mariinsky, le Ballet du Théâtre de la Scala de Milan, le Ballet du Théâtre Stanislavsky de Moscou, l’English National Ballet, le Birmingham Royal Ballet, le Ballet Royal du Danemark, le Ballet Royal de Suède, le Ballet de Stuttgart, l’Australian Ballet, le Ballet de Monte-Carlo, etc… Mikhaïl Messerer a également été professeur invité au Royal Ballet de Londres durant plus de vingt-cinq ans.
En 2009, il a été nommé maître de ballet en chef de la troupe du Ballet du Théâtre Mikhaïlovsky, succédant à ce poste à Farukh Ruzimatov.
Cette saison, il a remonté pour la troupe Le Lac des cygnes dans la version d’Alexandre Gorsky revue par Assaf Messerer, et Laurencia, un ballet de Vakhtang Chabukiani, deux oeuvres présentées par ailleurs dans le cadre du riche programme de la tournée du Mikhaïlovsky à Londres.